Ured ravnatelja
Služba za arheološku baštinu
Odsjek za konzervatorsku dokumentaciju arheološke baštine
Odjel za kopnenu arheologiju, sjedište Zagreb
Odjel za kopnenu arheologiju, sjedište Juršići
Odjel za restauriranje arheoloških nalaza
Odjel za podvodnu arheologiju
Služba za nepokretnu baštinu
Odjel za konzervatorsku dokumentaciju nepokretne baštine
Odjel za graditeljsko naslijeđe
Odjel za zidno slikarstvo i mozaik
Odjel za kamenu plastiku
Odjel za štuko
Služba za pokretnu baštinu
Odjel za drvenu polikromiranu skulpturu 1
Odjel za drvenu polikromiranu skulpturu 2
Odjel za štafelajno slikarstvo 1
Odjel za štafelajno slikarstvo 2
Odjel za tekstil, papir i kožu
Odjel za namještaj i drvene konstrukcije
Odsjek za konzervatorsku dokumentaciju pokretne baštine
Služba za odjele izvan Zagreba 1
Restauratorski odjel Osijek
Restauratorski odjel Ludbreg
Restauratorski odjel Rijeka
Restauratorski odjel Vodnjan-Juršići
Služba za odjele izvan Zagreba 2
Restauratorski odjel Split
Restauratorski odjel Dubrovnik
Restauratorski odjel Šibenik
Restauratorski odjel Zadar
Služba za odjele izvan Zagreba 3
Odsjek za zidno slikarstvo i mozaik, sjedište Rijeka
Odjel za kamenu plastiku, zidno slikarstvo, mozaik i štuko, sjedište Split
Odsjek za zidno slikarstvo, mozaik i štuko
Zajednička stručna služba
Odsjek za školovanje, stručno usavršavanje i međunarodnu suradnju
Informacijsko-dokumentacijski odjel
Prirodoslovni laboratorij
Služba općih pravnih, kadrovskih i administrativnih poslova
Odjel općih pravnih i administrativnih poslova
Služba financijskih i računovodstvenih poslova
Financijsko-računovodstveni odjel
Odsjek za obračun plaća i drugih osobnih primanja
Služba za nabavu i opće tehničke poslove
Odjel za poslove nabave
Odsjek za planiranje i realizaciju nabave