Glavni oltar sv. Ivana Krstitelja datira iz prijelaza 17. u 18. stoljeće i uz propovjedaonicu je najstariji i najvrjedniji dio inventara varaždinske franjevačke crkve. Izradili su ga mariborski stolari i kipari, a pozlatili zagrebački pozlatari. Njegova izvorna crna monokromna površina s pozlaćenim ukrasnim elementima i skulpturama tijekom 19. i 20. stoljeća bila je prekrivena debljim, vrlo neuglednim slojevima uljanih boja, a dodatna oštećenja nastala su djelovanjem drvnih nametnika u sloju konstrukcije i oplate, ali i vlage koja se iz kripte dizala do donjih slojeva konstrukcije zbog čega mu je bila narušena statika.
Zahtjevna obnova oltara, s opsežnim konzervatorsko-restauratorskim radovima, započela je 2009. godine, pod stručnim vodstvom Restauratorskog centra Ludbreg Hrvatskoga restauratorskog zavoda, pri čemu je naglasak stavljen na konstruktivnu i stolarsku sanaciju da bi se ponajprije otklonila oštećenja koja su prijetila njegovu urušavanju. Daljnja faza projekta obnove obuhvaća radove na pozlaćenim površinama oltara, skulpturama i slikama, s ciljem prezentacije izvornog izgleda.
U predavanju Venija Bobnjarić-Vučković izložila je tijek priprema na izradi dokumentacije, rezultate do kojih se došlo u konzervatorsko-restauratorskim istraživanjima te opseg dosada izvedene stolarske sanacije i restauratorskih radova.